Podzimní část si rovným dílem rozdělili dva trenéři, kteří v Prostějově v rámci tohoto období působili. Start ročníku byl pod Michalem Šmardou, jenž začal vítězně, ale následně přišla série sedmi utkání bez vítězství. Na deváté kolo už tak mužstvo připravoval Pavel Zavadil, kterého čekala premiéra na půdě Vyškova. Během jeho osmi zápasů získal o tři body více než jeho předchůdce, ale ani tato bilance nebyla dostatečná pro to, aby se mužstvo nacházelo v tabulce výše. Podzim tak zakončilo na posledním místě.